В конце июля 1945 года в Кострому передислоцируется из г. Калинина (ныне Тверь) Калининское училище химических войск. В сентябре 1947 г. училище было переименовано в Костромское училище химических войск.

В 1960 году в связи с сокращением Вооруженных Сил Костромское училище химических войск было расформировано.

Приказом Министра обороны СССР от 16 июля 1966 г. № 0143 в Костроме вновь сформировано военно-химическое училище.

Приказом МО СССР от 16 октября 1966 г. начальником Костромского военного химического училища назначается полковник Лебедев Евгений Яковлевич, выпускник Калининского училища, прошедший славный боевой путь в годы Веикой Отечественной войны.

Постановлением Президиума Верховного Совета СССР от 11 июля 1967 года начальник химических войск генерал-лейтенант Манец Ф.И. вручает училищу Боевое Красное Знамя.

Во исполнение постановления Совета Министров СССР Костромское военно-химическое училище в 1970 году переводится в категорию высших военно-химических училищ со сроком обучения 4 года. Училище одновременно переименовывается в Костромское высшее военное командное училище химической защиты.

В 1984 г. на должность начальника училища был назначен полковник Мищенков М.Е.

В 1989 году начальником училища назначается полковник Волков Н.Т.

Выпускники училища защищали интересы страны в вооруженных конфликтах, в Афганистанской войне, в контртеррористической операции на Северном Кавказе, при ликвидации последствий аварии на Чернобыльской АЭС.